Répartition


La table STOCKS

Avec la 10ème édition de son Systema Naturae en 1758 et le système binominal de nomenclature, Linnaeus a établi une puissante fondation pour le travail taxinomique : une combinaison unique d'un nom générique et d'un nom spécifique doit être assignée (fixée) à un spécimen (l'holotype), lequel devient le point de référence ultime pour une espèce biologique. Malheureusement, ce beau concept a été rendu confus par l'acceptation subséquente de sous-espèces, aussi associées à un spécimen mais déclarées sous-unités d'une espèce et désignées par trois noms (par exemple, Oreochromis niloticus eduardianus). L'espèce originale devient alors Oreochromis niloticus niloticus et nous avons une situation confuse où son holotype correspond à une sous-espèce tout autant qu'à une espèce qui est supposée inclure toutes les autres sous-espèces. Cela mine le concept d'espèce dont la définition de (Mayr 1942, p. 120) qui inclut explicitement des populations : « groupes de populations naturelles qui se croisent réellement ou potentiellement, et qui sont reproductivement isolés d'autres groupes de populations », en ne laissant aucun espace pour la sous-espèce (voir également Sinclair 1988 pour une excellente discussion des populations marines, et aussi Gill 1999).

Les scientifiques halieutes étudient les parties exploitées des populations qu'ils appellent ‹ stocks ›. D'une façon analogue, les aquaculteurs élèvent des ‹ souches ›, ou autrement dit, des races ou des variétés d'une certaine espèce. Là encore, la distinction entre population, race, variété et sous-espèce est vague.

Pour la structure d'une base de données relationnelle, la confusion conceptuelle entre espèce, sous-espèce et leurs populations se traduit par une structure peu satisfaisante.

Dans la version actuelle de FishBase, ainsi que dans la littérature taxinomique, une sous-espèce est traitée de la même façon qu'une espèce, avec son propre enregistrement dans la table SPECIES, mais avec une entrée à deux mots dans le champ de l'épithète spécifique. Si une sous-espèce est entrée alors l'espèce originale elle-même devient aussi une sous-espèce (voir ci-dessus). Le revers de cette approche est qu'une recherche sur Oreochromis niloticus ne trouvera pas d'enregistrement dans la table SPECIES et que la recherche avec un caractère générique sur Oreochromis niloticus* retournera un total de sept sous-espèces avec Oreochromis niloticus baringoensis en premier à cause du tri alphabétique ; l'utilisateur doit parcourir la liste pour trouver que O. niloticus niloticus est le dossier numéro cinq. D'un point de vue de la structure, il serait plus aisé de traiter une sous-espèce comme un stock ou une population ; cependant, cela créerait des incompatibilités avec la littérature taxinomique et créerait d'autres problèmes de structure (par exemple, les synonymes de sous-espèces devraient être liés aux populations). Il serait probablement avantageux que les taxinomistes décident soit de considérer les caractères d'une sous-espèce comme suffisamment distincts pour l'élever au niveau de l'espèce, soit de la considérer comme une population et d'en faire un synonyme de l'espèce, comme l'a tenté Kottelat (1997) pour les poissons d'eau douce européens.

Les champs

Pour séparer les informations sur un stock ou une souche de celles qui concernent l'espèce en général, chaque enregistrement dans la table SPECIES est lié à un ou plusieurs enregistrements dans la table STOCKS (lien de 1 à n). Toutes les informations biologiques qui peuvent être différentes entre des populations sont attachées à la table STOCKS et assignées à un Niveau (Level) tel que : ensemble de l'espèce, ensemble de la sous-espèce, stock/population en milieu naturel, souche cultivée, hybride.

Si FishBase contient plus d'un stock ou d'une souche pour une espèce donnée, une liste en est affichée. En cliquant sur une des lignes, la vue STOCKS correspondante est affichée. Ou bien, cliquer les flèche-bas et flèche-haut pour sélectionner un stock puis Enter pour changer de vue.

Le champ Stock definition indique la répartition géographique pour chacune de ces catégories. Pour les souches, ce champ contient l'origine et la taille du stock géniteur ainsi que son nom commun. Les hybrides sont associés à l'espèce de la femelle, aussi le champ donne-t-il principalement des détails sur l'espèce du mâle, avec d'autres néanmoins. Le champ signale aussi les extensions douteuses de l'aire de répartition et les erreurs d'identification communes.

Le champ Status indique le statut de vulnérabilité selon les catégories définies par l'UICN : disparu ; disparu en milieu naturel ; en danger critique ; en danger ; vulnérable ; risque réduit ; risque réduit : dépendant des mesures de conservation ; risque réduit : proche de la menace ; risque réduit : peu d'inquiétude ; données insuffisantes ; n'est pas évalué ; n'est pas applicable ; n'est pas dans la liste rouge de l'UICN (UICN 1996). Les deux dernières catégories ont été ajoutées pour qualifier entre autres les hybrides, les souches artificielles, et beaucoup de cas pour lesquels nous n'avons pas d'information.

Les informations biologiques sont classées par catégorie : écologie trophique ; génétique ; reproduction ; dynamique des populations ; poisson comme source de nourriture ; morphologie et physiologie. Si une catégorie est représentée par un bouton noir, les informations correspondantes sont disponibles (les boutons gris représentent des manques de données).

Les boutons associés peuvent être utilisés pour obtenir ces informations, mais aussi pour éviter des recherches en double. Pour un certain nombre d'espèces telles que Plectropomus leopardus, l'apparence des boutons reflète pour une grande part l'état réel de la connaissance et peut donc être utilisée pour identifier les manques de données. Nous espérons que de nombreux utilisateurs nous fournirons des rapports internes ou des tirés-à-part pour nous aider à traiter aussi complètement autant d'espèces que possible. Cliquer sur un bouton noir affiche la vue correspondante.

Statut

À ce jour, la table STOCKS contient plus de 23 000 enregistrements, y compris 72 souches élevées, 9 hybrides et 9 populations/stocks. Ce dernier nombre augmentera une fois que nous commencerons à intégrer les 160 stocks actuellement reconnus par le Conseil International pour l'Exploration de la Mer (CIEM / ICES), les stocks traités par la table RECRUITMENT de R.A. Myers (ce volume) et, par exemple, les souches de truites reconnues par Kincaid et Brimm (1994).

Comment y arriver

Dans la vue SPECIES, cliquer sur le bouton Range pour afficher la vue STOCKS RANGE pour l'aire de répartition et le statut de vulnérabilité du stock, et sur le bouton Biology pour sélectionner le type d'informations biologiques sur le stock.

Références

Gill, A.C. 1999. Subspecies, geographic forms and widespread Indo-Pacific coral-reef fish species : A call for change in taxonomic practice, p. 79-87. In: Proc. Info-Pac. Fish Conf., Noumea, 1997. B. Séret & J.-V. Sire (éds.). SFI et IRD, Paris.

IUCN. 1996. 1996 IUCN red list of threatened animals. IUCN, Gland, Switzerland. 378 p.

Kincaid, H. et S. Brimm. 1994. National Trout Strain Registry. US Fish and Wildlife Service's Division of Fish Hatcheries, National Fishery Research and Development Laboratory and Office of Administration - Fisheries, USA. pages variables.

Kottelat, M. 1997. European freshwater fishes. Biologia 52, Suppl. 5 : 1-271.

Mayr, E. 1942. Systematics and the origin of species. Columbia University Press, New York. 334 p.

Sinclair, M. 1988. Marine populations : an essay on population regulation and speciation. University of Washington Press, Seattle. 252 p.

Rainer Froese

La table FAOAREAS

Décrire les signalements d'espèces est une tâche à plusieurs étapes. Dans FishBase, la première standardisation concerne la répartition générale qui se fonde sur les 27 zones principales de pêche qui ont été établies internationalement à des fins statistiques (les statistiques de pêche), et qui sont décrites en détail dans les annuaires de la FAO (par exemple, FAO 1995). Une telle standardisation devrait se révéler utile quand, par exemple, les statistiques de pêche seront reliées à la biodiversité.

Les champs

La table FAOAREAS liste toutes les régions statistiques FAO dans lesquelles une espèce est présente, et vice-versa. Un champ à choix multiple qualifie l'espèce signalée parmi : native ; endémique (c'est-à-dire absente naturellement de toutes les autres régions FAO) ; introduite ; éradiquée (c'est-à-dire, éteinte dans cette région mais encore présente dans d'autres régions FAO) ; réintroduite (c'est-à-dire, après éradication) ; à préciser. Les hybrides artificiels sont toujours qualifiés d'introduits, même si la souche provient de la région FAO en question, parce que les hybrides et les souches sont par définition génétiquement distincts des populations sauvages.

Statut

Nous avons fait un effort pour connaître complètement cet élément essentiel de standardisation géographique pour toutes les espèces. Cependant, la répartition géographique de nombreuses espèces n'est pas bien établie et leur extension dans les régions FAO adjacentes est souvent peu claire. De même, les limites des régions FAO coupent des régions faunistiques. Par conséquent, dans la région 61 ‹ Nord-ouest Pacifique › par exemple, le nombre d'espèces n'est pas représentatif du Nord-ouest Pacifique géographique parce que la zone FAO délimitée inclut de nombreuses espèces tropicales qui sont présentes au nord jusqu'à Taïwan et au sud du Japon inclus dans la région 61. Nous prévoyons d'utiliser les provinces biogéographiques de Longhurst (1995) pour une subdivision des océans plus fine et écologiquement plus significative.

Seuls les poissons diadromes comme l'anguille européenne (Anguilla anguilla) sont assignés à la fois aux régions continentales et marines. Un grand nombre de poissons marins tropicaux amphidromes qui entrent régulièrement dans la partie inférieure des rivières ou dans les lagunes côtières pour se nourrir ne sont pas assignés à des régions continentales FAO pour éviter des confusions.

Comment y arriver

Cliquer sur le bouton Range dans la vue SPECIES puis sur le bouton FAO areas dans la vue STOCKS RANGE.

Références

FAO. 1995. FAO yearbook : Fishery statistics – Catches and landings 1993. Tome. 76. Food and Agriculture Organization of the United Nations, Rome, Italy. 687 p.

Longhurst, A. 1995. Seasonal cycles of pelagic production and consumption. Progress in Oceanography 36 : 77-167.

Rainer Froese

La table FAOAREAS REF

La table FAOAREAS REF documente les 27 régions statistiques définies par la FAO d'après les données du World Resources Institute (WRI 1990, 1996). Les informations comprennent la longueur du Littoral (Coastline), la surface estimée du Plateau continental (Shelf area) jusqu'à 200 m de profondeur, et celle de la Zone Économique Exclusive (EEZ) [qui n'est actuellement pas affichée dans la version utilisateur]. Cependant, la longueur d'un littoral a une dimension fractale qui ne devrait pas être utilisée pour des études comparatives à moins qu'une unique unité de mesure indivisible soit choisie comme étalon. Le World Resources Institute (WRI) travaille actuellement sur la mesure de telles longueurs standardisées, et nous les utiliserons dès qu'elles seront disponibles.

Les coordonnées d'un point dans le Centre (Center) d'une région FAO sont indiquées pour afficher une étiquette sur les cartes, par exemple dans ‹ WinMap › (ce volume). Les coordonnées d'un rectangle, que nous appelons Intervalle (Range), sont utilisées avec la région FAO pour repérer les erreurs grossières dans les données de signalement des espèces. Le bouton Status donne le nombre d'espèces et de familles FishBase assignées à la région, ainsi que ces nombres estimés d'après la littérature quand cela a été possible.

Cliquer sur un des boutons affiche les informations spécifiques à une zone telles que pays (Countries), captures nominales (Nominal catches) et Production Aquacole FAO (FAO aquaculture production).

Cliquer sur le bouton Range dans la vue SPECIES puis sur le bouton FAO areas dans la vue STOCKS Range, et sur le bouton More information on the area dans la vue FAOAREAS. Ou bien, cliquer sur le bouton Reports dans la fenêtre MAIN MENU, puis sur le bouton FAO Statistics dans la vue PREDEFINED REPORTS, et le bouton FAO Areas dans la vue FAO STATISTICS.

Références

WRI. 1990. 1990-1991 World Resources : a guide to the global environment. World Resources Institute. Oxford University Press, Oxford, UK. 383 p.

WRI. 1996. World Resources 1996-97. Oxford University Press, Oxford, UK. 383 p.

Rainer Froese

 

La table COUNTRIES

Les gouvernements des pays sont les corps politiques qui dirigent la gestion des pêches, la recherche halieutique et la conservation de la biodiversité au niveau national. Par conséquent, il est important de connaître tous les pays où une espèce est présente, et vice versa. Comme mentionné ci-dessus, la répartition géographique de nombreuses espèces n'est pas bien établie. Les listes spécifiques des poissons par pays sont souvent préparées par des non-taxinomistes et contiennent des erreurs d'identification qui, en général, ne peuvent pas être vérifiées ; d'un autre côté, les listes complètes publiées par les taxinomistes sont basées sur des collections vérifiables de spécimens qui n'existent pas dans de nombreux pays.

Sources

Il nous a fallu du temps pour réaliser complètement l'ampleur de ces problèmes et pour apprendre à les traiter. La tâche principale ici est de distinguer les sources fiables des autres moins fiables. Les révisions taxinomiques d'espèces, genres, ou familles comprennent généralement une liste de tous les spécimens examinés avec les localités de capture. C'est le type d'informations le plus fiable. Cependant, les noms de localité sont parfois extraits de vieux documents originaux et difficilement localisables dans un pays actuel.

La répartition géographique présentée sous forme de texte descriptif dans ces révisions contient souvent des noms de pays que nous considérons comme une bonne source. Nous entrons aussi les pays qui ne sont pas mentionnés explicitement mais qui font clairement partie d'un ensemble, par exemple « Le long de la côte Africaine ouest de la Mauritanie jusqu'à l'Angola » impliquera l'entrée de tous les pays côtiers entre la Mauritanie et l'Angola. Cependant, des formulations telles que « De la Mer Rouge au sud de Japon » nous permettent de sélectionner seulement le Japon, et pas par exemple, Oman, le Pakistan ou l'Inde, parce que ces vastes répartitions sont souvent discontinues. Les travaux faunistiques des taxinomistes tels que Freshwater Fishes of Australia par Allen (1989) ou Fishes of the Great Barrier Reef and Coral Sea par Randall et al. (1990), bien que ce dernier ne soit pas exhaustif, constituent d'autres bonnes références pour les entrées des pays. Les cartes publiées par des spécialistes dans des monographies telles que les catalogues des espèces de la FAO ou A complete Guide to the freshwater Fishes of Southern Africa par Skelton (1993) sont aussi considérées comme de bonnes sources.

Les collections informatisées des muséums, bien qu'en principe de bonnes sources, conservent souvent des noms obsolètes, indiquent rarement si une identification est fiable ou préliminaire, contiennent souvent des descriptions de localité qui nécessitent une interprétation, et n'ont souvent pas été vérifiées pour éliminer les erreurs (voir ci-dessous). D'autres sources problématiques sont des listes de noms communs compilées par des non-taxinomistes et souvent fondées sur des entretien avec des pêcheurs ou sur des répartitions supposées (tacites). Nous avons utilisé ces sources seulement quand elles étaient confortées par des signalements rapportés dans les bonnes sources.

Les champs

La table COUNTRIES liste tous les pays où une espèce a été signalée. Double-cliquer sur un pays affiche des informations sur l'espèce restreintes au pays. Double-cliquer sur un des champs de la référence pour afficher la citation complète.

Le champ MainRef. indique ce que nous considérons être la référence la plus fiable pour le pays. Veuillez nous communiquer votre choix en cas de désaccord.

Le champ Other Ref. indique la référence fiable suivante qui conforte la présence dans le pays.

Le champ Status indique le type de présence dans le pays parmi les choix suivants : native ; endémique ; introduite ; réintroduite ; eradiquée ; incertaine (dans le cas où la présence doit être confirmée) ; et erreur d'identification (pour celles qui sont réputées être fausses).

Les champs Freshwater, Brackish et Saltwater indiquent si l'espèce se trouve en eau douce, saumâtre ou marine dans le pays durant une partie de son cycle de vie.

Le champ Abundance indique la fréquence de l'espèce dans son aire connue pour le pays parmi les choix suivants : abondant ; commun ; assez commun ; occasionnel ; rare.

Encadré 7. Une offre aux experts des pays et des écosystèmes.

Collecter les informations et leurs modifications pour plusieurs centaines de pays, îles et écosystèmes est au-delà des capacités de l'équipe FishBase. À l'instar des coordinateurs taxinomiques, nous recherchons des experts locaux qui seraient des coordinateurs pour leur pays, île ou pour un écosystème. En échange de leur collaboration pour maintenir des listes annotées complètes et à jour, nous fournirons :

  • une copie de FishBase par parution annuelle ; et
  • des impressions (de fichiers texte) sous n'importe quel format des catalogues aux guides de terrain (publications automatiques à partir de bases de données) pour leur usage personnel.

Chaque enregistrement fourni, modifié ou vérifié par un coordinateur sera référencé à son nom.

Veuillez nous contacter ([email protected]) si vous êtes intéressé pour devenir un Coordinateur pour votre pays, votre île ou pour un écosystème. Nous vous enverrons une liste annotée avec les informations que nous avons compilées jusque là. En retour, nous espérons que vous annotiez cette liste et que vous nous fournissiez les tirés-à-parts appropriés que nous aurions manqués. Un membre de l'équipe FishBase vous sera affecté comme contact et se chargera des modifications dans la base de données. Veuillez nous faire savoir ce que vous pensez de cette offre.

Rainer Froese

 

Le champ Importance indique l'importance de l'espèce pour la consommation humaine parmi les choix suivants : grand intérêt économique ; intérêt économique ; faible intérêt économique ; pêches de subsistance ; intérêt potentiel ; aucun intérêt.

Le champ Aquaculture indique l'état de l'utilisation de l'espèce en aquaculture parmi les choix suivants : jamais/rarement (par défaut) ; intérêt économique ; expérimental ; utilisation future vraisemblable.

Le champ Regulations indique si des mesures ont été prises pour contrôler, protéger ou préserver l'espèce des diverses activités humaines parmi les choix suivants : aucun règlement (par défaut) ; restreint ; protégé.

Le champ LiveExport indique si l'espèce est exportée, comme poisson d'aquarium (ornemental ou aquarium public), comme aliment pour les restaurants ou pour l'aquaculture (notamment les larves, les juvéniles, les géniteurs).

Le champ Game indique si l'espèce est considérée comme un poisson de pêche sportive.

Le champ Bait indique si l'espèce est utilisée comme appât.

Le champ Comment comprend toute autre information telle que la répartition locale, des informations biologiques spécifiques au pays, la localité-type, l'utilisation, etc. Des références aux collections des muséums sont aussi entrées ; le terme Museum est généralement suivi par la localité, le code du muséum et du catalogue de la collection ; d'autres informations se rapportant au muséum sont indiquées entre parenthèses. La signification des acronymes des muséums et leur adresse de contact sont précisées dans la table GLOSSARY. La plupart de ces références aux collections indiquées dans ce champ ont été extraites de révisions et ont donc été vérifiées par des spécialistes. Le terme Also Ref. indique le code de référence des sources qui signalent explicitement l'espèce dans le pays. Le terme In range Ref. indique le code de référence des sources qui donnent une répartition géographique pour l'espèce qui inclut le pays sans explicitement le mentionner. Double-cliquer sur le champ Comment affiche une petite fenêtre, comme partout dans FishBase, qui vous permet de chercher une référence mentionnée dans le texte.

Cliquer sur le bouton Status affiche le code des personnes qui ont entré, modifié et vérifié l'enregistrement courant. Les codes SpecCode et Countrycode sont à usage interne seulement.

Alors que chaque pays appartient à une seule région continentale FAO, un pays peut avoir jusqu'à quatre régions maritimes FAO environnantes, comme les États-Unis. Chaque enregistrement de la table COUNTRIES comprend les zones FAO où une espèce est présente régulièrement. Pour les afficher, cliquer sur le bouton FAO area. Seuls les poissons diadromes sont assignés à des zones FAO continentale et maritime.

Pour afficher les statistiques de pêches nominales de la FAO ou des informations générales sur le pays, cliquer respectivement sur les boutons FAO Catches et CountryInfo.

Nous remplissons les champs différents au fur et à mesure qu'arrivent les informations, mais c'est bien sûr une lourde tâche. FishBase, l'Université de Colombie Britannique et le Service des Pêches de la Province de Colombie Britannique (Fisheries Branch, Province of British Columbia) du Canada ont réalisé un projet visant à entrer les informations disponibles sur les poissons présents en Colombie Britannique, pour explorer l'utilité de FishBase au niveau national/provincial. FishBase contient donc maintenant les localités, les signalements, les usages et les règlements pour la pêche en Colombie Britannique. Un projet similaire est actuellement en cours avec l'Australie. Nous attendons et espérons des propositions de ce type de collaboration de la part d'autres groupes nationaux ou régionaux. La base de données National Checklist (voir ‹ Catalogue national ›, ce volume) est conçue pour compiler ces informations et pour les rendre accessibles dans FishBase.

Note

Les noms de pays et de région suivent la liste de la FAO (1995) et ne sont l'expression d'aucune opinion de la part de l'ICLARM quant à la situation légale de tout pays, territoire ou région, et de ses limites. Nous sommes conscients que plusieurs noms de pays ont changé. La liste sera mise à jour à la première occasion.

Comment y arriver

Cliquer sur le bouton Range dans la vue SPECIES puis sur le bouton Countries dans la vue STOCKS RANGE.

Remerciements

Nous remercions Susan M. Luna pour ses contributions à une version antérieure de cette table et de ce chapitre.

Références

Allen, G.R. 1989. Freshwater fishes of Australia. T.F.H. Publications, Neptune City, New Jersey. 240 p.

FAO 1995. FAO yearbook : Fishery statistics – Catches and landings 1993. Vol. 76. Food and Agriculture Organization of the United Nations, Rome, Italy. 687 p.

Randall, J.E., G.R. Allen et R.C. Steene. 1990. Fishes of the Great Barrier Reef and Coral Sea. Crawford House Press, Bathurst. 507 p.

Skelton, P.H. 1993. A complete guide to the freshwater fishes of Southern Africa. Southern Book Publisher, South Africa. 388 p.

Rainer Froese, Emily Capuli et Cristina Garilao

 

La table COUNTREF

La table COUNTREF contient des informations relatives aux pays telles que les noms officiels anglais, français et espagnols, les codes alphabétiques et numériques ISO (Organisation Internationale de Normalisation), le nom et les coordonnées de la capitale, les zones FAO, la production aquacole, la surface du plateau continental, les langues, les organismes internationaux et les corps d'état légaux, etc. (voir les boutons : FAO areas ; FAO Aquaculture ; Statistics ; Intl. Legal Inst.). Les informations ont été obtenues des sources suivantes : New York Times Atlas (Anon. 1992), FAO Yearbook (FAO 1995), World Resources 1996-97 (WRI 1996) et Microsoft Encarta 97 World Atlas (Microsoft 1996). Ces informations ont été compilées principalement pour des buts internes et ne sont l'expression d'aucune opinion de la part de l'ICLARM ou de l'un de ses collaborateurs. Nous sommes conscients que plusieurs noms de pays ont changé et nous les mettrons à jour à la première occasion. La plupart des informations dans cette table n'ont pas encore été vérifiées et nous recommandons aux utilisateurs de contacter directement les pays ou leurs représentants respectifs pour des informations plus exactes et plus récentes.

La table COUNTREF contient aussi une évaluation du nombre d'espèces de poissons (marins, d'eau douce, total) signalés dans le pays (bouton Biodiversity) et affiche des statistiques sur leurs utilisations et leur statut de vulnérabilité (bouton Uses). Ces informations sont 1) calculées en dénombrant les enregistrements par pays dans FishBase et 2) évaluées d'après la littérature (voir ‹ Les différentes listes de poissons par pays ›, ce volume).

Nous avons aussi inclus une évaluation du niveau de connaissance sur les poissons, en calculant le pourcentage des poissons pour lesquels des informations essentielles telles que la croissance, l'alimentation et la reproduction sont disponibles dans FishBase (bouton Key Info).

Les autres boutons disponibles sont : le bouton References qui liste toute la littérature utilisée pour le pays ; le bouton Occurrences qui liste tous les signalements répertoriés dans le pays ; et le bouton Ciguatera qui liste tous les incidents dus à la ciguatera rapportés dans le pays.

Comment y arriver

Cliquer sur le bouton Range dans la vue SPECIES, puis sur le bouton Countries dans la vue STOCKS Range, et sur le bouton Country Info dans la vue COUNTRIES. Ou bien, cliquer le bouton Reports dans la fenêtre MAIN MENU, puis sur le bouton Miscellaneous dans la vue PREDEFINED REPORTS, et sur le bouton Country Information dans la fenêtre MISCELLANEOUS MENU.

Références

Anon. 1992. The New York Times Atlas of the World. New Family Edition. Times Books, New York. 156 p.

FAO. 1995. FAO yearbook : Fishery statistics – Catches and landings 1993. Vol. 76. Food and Agriculture Organization of the United Nations, Rome, Italy. 687 p.

Microsoft. 1996. Microsoft Encarta 97 World Atlas. Microsoft, USA. CD-ROM.

WRI. 1996. World Resources 1996-97. Oxford University Press, Oxford, U.K. 383 p.

Rainer Froese

La table INTRODUCTIONS

Les introductions et les transferts d'espèces exotiques de poissons ont entraîné des changements considérables dans les communautés aquatiques - et humaines - et représentent une menace importante pour la biodiversité aquatique. D'un autre côté, l'utilisation d'espèces exotiques a aussi permis l'augmentation de la production du secteur aquatique, un succès exemplaire étant l'introduction de la sardine d'eau douce Limnothrissa miodon dans le Lac Kariba, Zimbabwe, un lac artificiel tout récent. La table INTRODUCTIONS concerne seulement les mouvements d'espèces aquatiques transfrontières. Bien que les mouvements internes au sein d'un pays ne soient pas traités ici, ils n'en sont pas moins importants et devraient être gérés et réglementés par les autorités nationales.

Dans les années 1980, Robin Welcomme de la FAO a commencé à compiler une base de données qui documente le mouvement des espèces de poissons continentaux entre pays (Welcomme 1988 ; FAO 1997). En 1991, il a proposé d'intégrer cette base de données à FishBase pour une plus large diffusion. La base de données sur les introductions internationales et les transferts a été depuis étendue grâce à une collaboration étroite entre Devin Bartley de la FAO et le personnel de FishBase pour traiter aussi des transferts et des introductions de poissons marins (surtout d'après Walford et Wicklund 1973), et pour inclure les introductions non-intentionnelles, comme les migrations lessepsiennes qui résultent de l'ouverture du Canal de Suez (Por 1978).

La base de données actuelle est une version mise à jour de celle de Welcomme (1988), notamment pour correspondre à la taxinomie récente, et augmentée de nouvelles informations. Ces dernières ont été obtenues par une recherche dans la littérature et par le dépouillement de questionnaires FAO traduits dans les langues des Nations-Unies et envoyés aux agences nationales, aux ministères de l'agriculture, aux institutions scientifiques et centres nationaux et internationaux de recherches agronomiques concernés. Le format des questionnaires suivait la structure de la table INTRODUCTIONS de FishBase pour que les informations soient compatibles. Une liste des poissons introduits pour chaque pays tirée de Welcomme (1988) était incluse dans le questionnaire afin que les anciennes informations puissent être vérifiées et que les nouvelles puissent être ajoutées au nouveau format.

L'utilisateur peut utiliser des requêtes prédéfinies pour l'analyse de la base de données actuelle ou les préciser lui même, pour établir des statistiques ou pour synthétiser les aspects scientifiques concernant les introductions. Plus de 2 750 enregistrements concernent 446 espèces de 95 familles. Les dix espèces de poissons le plus souvent introduites ou transférées sont (par ordre décroissant) : Cyprinus carpio, Oncorhynchus mykiss, Oreochromis mossambicus, Ctenopharyngdon idella, Oreochromis niloticus, Hypophthalmichthys molitrix, Micropterus salmoides, Gambusia affinis, Hypophthalmichthys nobilis, et Carassius auratus. L'aquaculture était la cause d'introduction la plus souvent citée et les gouvernements nationaux étaient le plus souvent le groupe responsable de l'introduction initiale. Les nombres d'introductions par région (continents) ou par cause sont illustrées par des graphiques cumulatifs tels que la figure 8, inspirée de Ruesink et al. (1995).

Les espèces introduites ont été reconnues comme un des outils les plus efficaces pour la gestion des pêches continentales pour augmenter leur production (Coates 1995), mais elles ont aussi été reconnues comme une des menaces les plus considérables pour la diversité biologique aquatique autochtone (IMO 1994 ; ICES 1995 ; FAO 1995, 1996). Cliquer sur les boutons Reports, puis Miscellaneous puis Adverse Introduction à partir de la fenêtre MAIN MENU pour imprimer une liste des introductions hostiles.

De nombreuses données, surtout les impacts de ces introductions, sont encore manquantes, et nous reconnaissons que la table représente une synthèse biaisée de la situation internationale, notamment après l'intégration des réponses aux questionnaires. Si une introduction a échoué immédiatement ou si elle n'a pas eu d'impact considérable, elle a pu être tout simplement omise et n'a pas été rapportée. Par conséquent, les analyses d'impact et le calcul des pourcentages ne peut se faire sans oublier que l'absence de preuve n'est pas la preuve d'une absence. Les utilisateurs qui disposeraient d'informations récentes sur de nouvelles introductions ou transferts, ou plus complètes sur des introductions déjà répertoriées dans FishBase sont invités à contacter les auteurs à l'ICLARM ou à la FAO. Une version de la table INTRODUCTIONS avec un formulaire de saisie pour entrer de nouvelles données est maintenant disponible via Internet sur le site web de la FAO (Fisheries) à l'adresse http://www/fao.org/waicent/faoinfo/fisheri/statist/fisoft/dias/mainpage.htm.

Les champs

La table INTRODUCTIONS comprend des champs qui indiquent le pays d'origine des espèces, l'année de l'introduction, sa cause et son impact.

From : Indique le pays ou la région géographique d'origine de l'espèce. Le nom ISO du pays et la zone FAO sont aussi indiqués.

To : Indique le pays où l'espèce a été introduite. Le nom ISO du pays et la zone FAO sont aussi indiqués.

Year : Indique l'année d'introduction.

Range : Indique un intervalle d'années d'introduction.

Period : Indique une large gamme d'années d'introduction : avant le 18ème siècle ; 18ème siècle ; 19ème siècle ; 1900-1924 ; 1925-1949 ; 1950-1974 ; 1975-présent ; inconnu.

Reason : Champ à choix multiple qui indique le motif de l'introduction parmi les choix : aquaculture ; pêcheries ; pêche à la ligne/sportive ; aquarium d'ornement ; contrôle de moustiques ; contrôle d'escargots ; contrôle de mauvaises herbes ; contrôle de phytoplancton ; contrôle d'autres pestes ; fourrage ; appât ; diffusion de pays limitrophes ; recherche ; conservation hors-pays ; occuper une niche écologique ; accidentelle (seule ou avec autre espèce) ; accidentelle par bateau ; migration lessepsienne ; enlèvement de barrière naturelle ; autre ; inconnu.

Other reason : Indique un autre motif ou un motif secondaire pour l'introduction. Les choix sont les mêmes que ci-dessus.

Introduced by : Champ à choix multiple qui indique les responsables de l'introduction de l'espèce parmi les choix suivants : gouvernement ; organisation internationale ; secteur privé ; individu ; autre introducteur ; inconnu.

Established in the wild : Indique l'état de stabilisation de l'espèce dans le milieu naturel ou les réservoirs artificiels : soit capable de reproduction dans le nouveau milieu, soit empoissonnement continu, soit les deux.

Established in aquaculture : Indique l'utilisation actuelle de l'espèce en aquaculture (oui/non), et si cette utilisation est répandue ou rare. Un autre champ indique si l'espèce exige l'assistance d'éleveurs pour se reproduire dans les systèmes d'aquaculture, ou si elle est maintenue par des importations continues, Anguilla anguilla en Israël ou Scophthalmus maximus en Espagne par exemple.

 

Encadré 8. Chronologie et succès des introductions en eau douce.

La figure 8 montre une courbe cumulative du nombre d'introductions dans les eaux douces par zone continentale FAO et par année. Les introductions à date inconnue ont été comptabilisées avec les introductions antérieures au 18ème siècle, non seulement pour montrer l'ampleur de ces introductions inconnues, mais aussi pour les inclure dans le décompte total. Comme le montre le graphique, l'Europe et l'ex-URSS totalisent ensemble le plus d'introductions de poissons d'eau douce, et l'Amérique du Sud le moins. Le graphique montre aussi une accélération des introductions en Asie des années 1960 à 1980, en raison de l'expansion de l'aquaculture dans cette région.

Il est souvent difficile de prédire si une espèce introduite s'établira dans le milieu naturel. Le succès dépendra des caractères biologiques de l'espèce et de l'environnement. Pour tester l'hypothèse de Pimm (1989) qui propose que le succès de l'introduction devrait être (positivement) corrélé avec la taille maximale, Pullin et al. (1997) ont porté le pourcentage des introductions réussies par espèce en fonction de la longueur maximale donnée par la table SPECIES. Le résultat donne une corrélation négative pour l'ensemble des données dans FishBase !

D'autres facteurs peuvent aussi influer sur le taux de succès, tel que l'âge à maturité, la fécondité, le mode de reproduction, les tolérances de température, ou la stratégie alimentaire.

Références
Pimm, S.L. 1989. Theories of predicting success and impact of introduced species, p. 335-367. In J.A. Drake et H.A. Mooney (éds) Biological invasions : a global perspective. Scientific Committee on Problems of the Environment. John Wiley and Sons, Ltd. Chichester, U.K.
Pullin, R.S.V., M.L. Palomares, C.V. Casal, M.M. Dey et D. Pauly. 1997. Environmental impacts of tilapias, p. 554-570. In K. Fitzsimmons (éd.) Tilapia Aquaculture. Proceedings of the Fourth International Symposium on Tilapia in Aquaculture, Volume 2. Northeast Regional Agricultural Engineering Service (NRAES) Cooperative Extension, Ithaca, New York. 808 p.

Christine Casal et Devin Bartley

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Fig. 8. Nombre cumulé des introductions internationales des poissons d'eau douce par région continentale FAO en fonction du temps. Voir l'Encadré 8 pour une interprétation.

Significant ecological interactions : Indique les impacts de l'introduction sur les écosystèmes parmi les choix suivants : bénéfique ; néfaste ; incertain. Le champ Comments précise en général la nature de l'impact sur la structure génétique, l'hybridation, la taille du stock, la structure de la communauté, la survie, le comportement adaptatif, la précision du retour aux frayères natales, les types de migration, la résistance aux maladies, etc.

Significant socio-economic effects : Indique les impacts sur le système socio-économique parmi les choix suivants : bénéfique ; hostile ; incertain. Le champ Comments précise en général la nature de l'impact sur les méthodes de pêche, la prise par unité d'effort, la consommation de poisson, la répartition du travail (équité, sexe), le revenu, etc.

Remarks : Donne des informations supplémentaires sur des réintroductions et des espèces qui ont été affectées par les introductions, parmi d'autres (voir ci-dessus).

 

Encadré 9. La généalogie des souches cultivées et/ou introduites.

Un pedigree est un arbre généalogique qui décrit l'ascendance des organismes et qui met souvent en exergue des traits génétiques particuliers. Un pedigree peut aussi faire référence à un registre qui répertorie la lignée des ancêtres, ou à la pureté répertoriée de reproduction d'un individu ou d'une souche. Ces caractéristiques des pedigrees les rendent très importants dans la gestion de la reproduction et des piscicultures.

Compte tenu de ces remarques, une procédure a été réalisée pour tenter de générer des pedigrees, même très partiels, à partir des données des tables STRAINS ou INTRODUCTIONS, pour documenter les origines successives d'une souche ou d'un poisson introduit dans un pays donné.

Quand elle utilise la table STRAINS, la procédure utilise des informations sur l'origine comme une chaîne de liens qui connectent chaque souche avec sa souche origine connue immédiatement précédente. Quand deux souches ou plus sont liées à une souche donnée, elles sont toutes listées, à condition qu'elles proviennent de la même souche.

Quand elle utilise la table INTRODUCTIONS, la procédure utilise le pays d'origine pour lier les différents enregistrements. Quand deux enregistrements ou plus sont liés à un enregistrement donné ils sont tous les deux listés, à condition qu'ils traduisent une même introduction initiale.

Qu'elle utilise la table STRAINS ou la table INTRODUCTIONS, la procédure produit un rapport qui pour chaque lien, liste les informations-clés sur la souche ou l'introduction. Dans le premier cas, ces informations comprennent le nom de la souche, où elle est présente, son origine, le nom et le numéro du stock fondateur. Dans le deuxième cas, ces informations comprennent l'origine, la date d'introduction, son motif et si les poissons introduits ont réussi à s'établir dans le milieu naturel.

Malgré une approche rustique, cette procédure qui sera incluse dans FishBase 2 000, devrait se révéler utile pour documenter les lignées, étant donné la multiplicité des introductions de différentes souches partout dans le monde.

Christine Casal

Les rapports

Deux types de rapports peuvent être produits à partir de la table INTRODUCTIONS :

Les cartes

Cliquer sur le bouton Map dans la vue INTRODUCTIONS AS COMPILED BY FAO affichera une carte qui indique les pays d'origine avec des petits carrés vert foncé et les pays d'introduction avec des petits carrés vert clair. Chaque introduction d'un pays à un autre est visualisée par une droite rouge reliant le centre des deux pays. Cliquer sur les carrés vert clair affiche les informations sur l'introduction pointée.

Statut

La table INTRODUCTIONS est, à notre connaissance, la base de données globale la plus vaste sur les transferts internationaux de poissons par les êtres humains. Elle comprend environ 2 750 enregistrements d'introductions et transferts pour plus de 440 espèces déplacées à des fins d'aquaculture (> 900), de pêche sportive (> 200) et de commerce ornemental (> 150). Le motif de nombreux transferts reste inconnu (> 400). Plus de la moitié des populations introduites documentées se sont établies dans le milieu naturel.

Noter que la table INTRODUCTIONS répertorie seulement la première introduction d'une espèce dans un pays, mais pas les introductions ultérieures. Les espèces trouvées dans les magasins d'aquarium ne sont pas considérées comme ‹ introduites › dans un pays donné à moins qu'elles ne se soient échappées par la suite et se soient établies dans le milieu naturel (ce qui arrive souvent).

Les graphiques

Cliquer sur le bouton Environ. factors & biodiversity de la fenêtre GRAPH MENU permet d'afficher des graphiques dont :

Les deux premiers graphiques peuvent aussi être obtenus à partir de la vue INTRODUCTIONS, pour mettre en évidence les introductions par espèce.

Sources

Les informations ont été extraites de plus de 150 références, entre autres Courtenay et Stauffer (1984), Silva (1989), Crossman (1991), Holcík (1991), Nelson et Eldredge (1991), Ogutu-Ohwayo (1991), Eldredge (1994), Thys van den Audenaerde (1994), et celles mentionnées ci-dessus.

Harald Rosenthal du Marine Science Institute, Kiel, Germany compile actuellement une vaste base de données avec références annotées sur les transferts d'organismes aquatiques. Nous projetons de collaborer avec lui pour intégrer cette base de données dans FishBase, une fois qu'elle sera publiée.

Comment y arriver

Cliquer sur le bouton Range dans la vue SPECIES, puis sur le bouton Introductions dans la vue RANGE pour avoir une liste des introductions et cliquer sur un enregistrement particulier pour afficher la vue INTRODUCTIONS correspondant à cet enregistrement. Ou bien, cliquer sur le bouton Species de la fenêtre MAIN MENU puis sur le bouton Topic dans la fenêtre SEARCH BY, et sur le bouton Introductions dans la vue SEARCH SPECIES BY TOPIC.

Remerciements

Nous remercions Robin Welcomme de la FAO pour nous avoir fourni la base de données originale INTRO. Nous remercions Liza Agustin, de l'équipe initiale de FishBase, pour ses contributions à cette table et à une version antérieure de ce chapitre.

Références

Coates, D. 1995. Inland capture fisheries and enhancement : status, constraints, and prospects for food security. Thematic paper (KC/FI/95/TECH/3) presented to the Japan/FA) International Conference on Sustainable Contribution of Fisheries Food Security, Kyoto, Japan, December, 1995. 82 p.

Courtenay, Jr., W.R. et J.R. Stauffer, Jr., Éditeurs. 1984. Distribution, biology, and management of exotic fishes. Johns Hopkins University Press, Baltimore. 430 p.

Crossman, E.J. 1991. Introduced freshwater fishes : a review of the North American perspective with emphasis on Canada. Can. J. Fish. Aquat. Sci. 48(Suppl. 1) : 46-57.

Eldredge, L.G. 1994. Perspectives in aquatic exotic species management in the Pacific Islands. Vol. 1. Introduction of commercially significant aquatic organisms to the Pacific Islands. South Pacific Commission, Noumea, New Caledonia. 127 p.

FAO. 1995. Precautionary approach to fisheries. Part 1. Guidelines on the precautionary approach to capture fisheries and species introductions. FAO Fish. Tech. Pap. 350(1). FAO, Rome. 52 p.

FAO. 1996. Precautionary approach to fisheries, Part 2. Scientific Papers. FAO Fish. Tech. Pap. 350(2). FAO, Rome. 219 p.

FAO. 1997. FAO database on introduced aquatic species. FAO, Rome.

Holcík, J. 1991. Fish introductions in Europe with particular reference to its central and eastern part. Can. J. Fish. Aquat. Sci. 48(Suppl. 1) : 13-23.

ICES. 1995. Code of practice on the introduction and transfer of marine organisms, 1994, p. 35-40. In FAO. Precautionary approach to fisheries. Part 1. Guidelines on the precautionary approach to capture fisheries and species introductions. FAO Fish. Tech. Pap. 350(1). FAO, Rome.

IMO. 1994. Guidelines for preventing the introduction of unwanted aquatic organisms and pathogens from ships' ballast water and sediment discharges, p. 41-50. In FAO. Precautionary approach to fisheries. Part 1. Guidelines on the precautionary approach to capture fisheries and species introductions. FAO Fish. Tech. Pap. 350(1). FAO, Rome.

Nelson, S.G. et L.G. Eldredge. 1991. Distribution and status of introduced cichlid fishes of the genera Oreochromis and Tilapia in the Islands of the South Pacific and Micronesia. Asian Fish. Sci. 4 : 11-22.

Ogutu-Ohwayo, R. 1991. Fish introductions in Africa and some of their implications. Can. J. Fish. Aquat. Sci. 48(Suppl. 1) : 8-12.

Por, F.D. 1978. Lessepsian migration. Springer Verlag, Berlin, Heidelberg, and New York. 228 p.

Ruesink, J.L., I.M. Parker, M.J. Groom et P.M. Kareiva. 1995. Reducing the risk of nonindigenous species introductions. BioScience 45(7) : 465-477.

Silva, S.S. Éditeur. 1989. Exotic aquatic organisms in Asia. Proceedings of the Workshop on Introductions of Exotic Aquatic Organisms in Asia. Asian Fish. Soc. Spec. Publ. 3, Asian Fisheries Society, Manila, Philippines. 154 p.

Thys van den Audenaerde, D.F.E. 1994. Introduction of aquatic species into Zambia waters, and their importance for aquaculture and fisheries. Aquaculture for Local Community Development Programme, ALCOM Field Document No. 24, 29 p.

Walford, L. et R. Wicklund. 1973. Contribution to a world-wide inventory of exotic marine and anadromous organisms. FAO Fish. Tech. Pap. 121, 49 p.

Welcomme, R.L. 1988. International introductions of inland aquatic species. FAO Fish. Tech. Pap. 294, 318 p.

Christine Casal et Devin Bartley

La table OCCURENCES

Notre connaissance de la répartition des poissons est fondée en dernière analyse, mais restreinte, aux rencontres répertoriées entre êtres humains et poissons. C'est la tâche traditionnelle des taxinomistes que de récolter, aussi complètement que possible, les espèces qui sont présentes dans une certaine région, de conserver des spécimens d'une manière convenable, d'identifier correctement les espèces connues, de décrire les espèces nouvelles pour la science, de déposer les spécimens capturés comme références dans un muséum, et de publier les résultats de cet exercice. L'importance de ces travaux, nécessaires à notre compréhension de la biodiversité, est toujours actuelle et a été récemment soulignée (par exemple, di Castri et Younès 1994 ; Froese et Pauly 1994 ; Froese et Palomares 1995).

Cependant, d'autres types de signalements sont aussi acceptables et peuvent être répertoriés, à condition qu'ils soient vérifiables, ou que la probabilité d'une erreur d'identification soit faible. Ces signalements sont : des observations sous-marines par les plongeurs, authentifiées par une photographie identifiable ou une séquence vidéo ; des records de pêche sportive vérifiés par des experts locaux et confortés par une photo ; des campagnes océanographiques pendant lesquelles des spécialistes ont identifié les captures ; les captures de la pêche industrielle, peu sujettes aux erreurs d'identification ; ou des expériences de marquage sur des espèces bien connues. La table OCCURRENCES est conçue pour traiter ces informations de sources différentes sous une forme standardisée. La base de données FishWatcher (voir ‹ Bases de données nationales ›, ce volume) est un outil pour répertorier de tels signalements et les intégrer à FishBase.

Finalement, nous pensons que tous les signalements de poissons répertoriés, anciens ou récents, devraient être accessibles aux chercheurs via FishBase. Nous pensons que l'analyse de cet immense ensemble de données aboutira à la formulation d'importantes hypothèses quant à la zoogéographie des poissons. La gestion de la conservation des espèces de poissons en bénéficiera en identifiant des régions de forte diversité ou de fort endémisme. Au niveau national, les données éparpillées entre plusieurs instituts et agences seront regroupées pour faciliter l'estimation des ressources et le choix des régions à protéger (Froese et Pauly 1994).

Statut

La table OCCURRENCES contient plus de 300 000 enregistrements pour plus de 9 300 espèces (voir Fig. 9) extraits de plusieurs bases de données de collection de muséum, et de plus de 200 références. Notamment, nous avons intégré de nombreux enregistrements en provenance du Muséum National d'Histoire Naturelle (MNHN) et du Musée Royal de l'Afrique Centrale (MRAC).

Des efforts sont aussi en cours pour inclure les données de la collection complète du Natural History Museum britannique (BMNH) et de plusieurs autres muséums.

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Fig. 9. Carte mondiale des sites de capture de poissons actuellement répertoriés dans FishBase. Noter la couverture limitée de l'Asie Centrale et de l'Amazonie. Les coordonnées géographiques dans le coin inférieur droit indiquent la position de la flèche blanche.

Nous avons aussi extrait des enregistrements d'autres bases de données comme la collection de poissons du Département de Zoologie de l'Université de Colombie Britannique, le catalogue de la collection de poissons de l'Académie des Sciences de la Californie, et des études régionales et nationales, par exemple, celles documentées par Vakily (1994), Künzel et al. (1996), et Pauly et Martosubroto (1996).

En dépit de la bonne qualité de ces sources, elles exigent un travail considérable de vérification. De nombreux noms comportent des fautes d'orthographe ou ne sont plus valides ; il faut les vérifier et les mettre à jour.

Avant d'être intégrées à FishBase, ces données suivent un processus de contrôle et de validation décrit ci-dessous. La quantité de travail nécessaire varie selon les données et dépend largement du nombre d'enregistrements et du format utilisé.

Le processus comprend 9 étapes :

  1. Importation des données sous un format Microsoft Access ;
  2. Comparaison des noms scientifiques avec ceux de FishBase, en utilisant la procédure Check Names (ce volume) ; validation automatique de ces noms quand ils sont valides dans FishBase ; envoi de la liste des noms synonymes ou mal orthographiés au fournisseur des données ; demande des références pour les espèces qui ne sont pas encore entrées dans FishBase.

Pour les enregistrements concernant des espèces valides dans FishBase :

  1. Vérification des noms de pays utilisés (norme ISO 3166-1, 1997) ; validation automatique de ces noms quand ils sont valides dans FishBase ; envoi de la liste des noms inconnus ou mal orthographiés au fournisseur des données.
  2. Replacer les noms géographiques dans les zones statistiques de la FAO ; attribution automatique des zones quand les noms géographiques correspondent ; envoi de la liste des noms inconnus, manquants ou mal orthographiés au fournisseur des données.
  3. Vérification des signalements d'espèces dans les zones FAO attribuées à l'étape 4 par : a) comparaison avec les zones FAO enregistrées dans FishBase pour cette espèce ; b) dans le cas où un pays est précisé, vérification que le pays se trouve réellement dans la région FAO assignée ; et c) dans le cas où les coordonnées sont précisées, vérification qu'elles se trouvent effectivement dans la zone FAO indiquée ; envoi de la liste des enregistrements douteux ou erronés au fournisseur de données ; demande de références sur l'aire de répartition des espèces concernées.
  4. Dans le cas où un pays était précisé, vérification de la présence de cette espèce dans le pays par : a) comparaison avec les pays enregistrés dans FishBase pour cette espèce ; et b) dans le cas où les coordonnées sont précisées, vérification qu'elles se trouvent effectivement dans le pays (eau douce) ou au large de ses côtes (marin) ; envoi de la liste des enregistrements erronés ou douteux au fournisseur de données ; demande de références sur l'aire de répartition des espèces concernées.
  5. À partir des résultats des étapes 2 à 6, attribution d'un indicateur de fiabilité à chaque enregistrement (voir les choix dans le champ Validity ci-dessous) ;
  6. Effacement de tous les enregistrements de cette même source précédemment intégrés ;
  7. Transfert des données actualisées à la table OCCURRENCES, en ajoutant la référence de la source, les coordonnées du fournisseur des données et la date du transfert à chaque enregistrement.

Les champs

Le nom utilisé (Name Used) dans la publication ou, dans le cas d'un spécimen du muséum, le nom écrit sur l'étiquette ou dans le catalogue est entré à des fins de référence. Ce nom peut être différent du nom valide dans FishBase (synonyme, erreur d'orthographe ou d'identification).

Un code de catalogue (Catalog No.) où le code de la collection est donné, si disponible (par défaut, ‹ n.a. ›). Si l'abréviation officielle d'un muséum est utilisée, le nom complet et l'adresse de ce dernier sont indiqués dans la table GLOSSARY.

Le champ image (Picture) est utilisé quand le signalement est documenté par une illustration du poisson. Double-cliquer sur le bouton pour l'afficher.

Des informations sur la localité où le spécimen a été récolté sont réparties dans plusieurs champs :

Le champ localité (Locality) indique le nom du lieu ou du plan d'eau porté sur l'étiquette ou dans le catalogue.

Le champ Station indique le nom ou le code numérique des stations couramment utilisées dans les campagnes océanographiques (voir aussi ‹ La table EXPEDITIONS ›, ce volume).

Un gazetteer relie le nom des localités avec leurs coordonnées géographiques. Le champ Gazetteer est un essai préliminaire de standardisation des noms de localité dans la table OCCURRENCES. Ce champ est rempli seulement pour 2 000 enregistrements jusqu'à présent. Nous recherchons des gazetteers existants, de préférence sous format informatique, qui pourraient être utilisés dans ce but.

Disposer des champs Latitude et Longitude est sans doute la meilleure méthode pour repérer une localité et elles sont précisées autant que possible. Les coordonnées géographiques sont particulièrement utiles parce qu'elles permettent de réaliser une cartographie des signalements (voir ‹ Le Logiciel WinMap ›, ce volume).

Le pays (Country), les zones FAO (FAO area) et la mer ou le bassin hydrographique (sea or river basin) sont des informations supplémentaires pour classer les localités et y accéder. Assigner des localités historiques aux pays modernes est une tâche particulièrement délicate.

L’Altitude, la profondeur (Water depth), la salinité (Salinity) et la température (Temperature) indiquent la valeur de ces paramètres environnementaux.

La Date, l'année (Year) et l'heure (Time) de récolte sont indiquées.

Des informations sur le(s) spécimen(s) capturé(s) sont indiquées dans les champs suivants : la longueur (Length) et le type de longueur (length type ; pour plusieurs spécimens, l’intervalle (Range) minimum-maximum est indiqué), le poids en grammes (Weight ; pour plusieurs spécimens, le poids moyen est indiqué), le nombre (Number) de spécimens récoltés ou aperçus, la phase du cycle de vie (Life stage : oeuf ; larve ; juvénile ; adulte ; juvéniles et adultes), et le sexe (Sex : femelles ; mâles ; mélangés).

L'importance de l'espèce dans la capture en pourcentage de capture (Percent of catch ; poids frais) est indiquée.

L'abondance (Abundance) est indiquée parmi cinq choix adaptés des observations ornithologiques  : abondant (toujours en un certain nombre) ; commun (habituel) ; assez commun (50% de chance) ; occasionnel (pas habituel) ; rare (très improbable).

Les champs Bottom et Gear indiquent respectivement le type de substrat exploré et l'engin de pêche utilisé. Des informations supplémentaires se rapportant à la collection peuvent être indiquées dans le champ Remark.

Les champs qui identifient les collecteurs sont : Le navire (Vessel ; nom du navire océanographique de la campagne), le collecteur (Collector ; personne qui a récolté le spécimen), et l'identificateur (Identifier ; personne qui a identifié le spécimen).

Le champ Type donne le statut taxinomique du(des) spécimen(s) : holotype ; syntype ; paratype ; lectotype ; cotype ; paralectotype ; néotype ; paratopotype. Le champ Storage indique le type de stockage du spécimen.

Le champ Record Type distingue les différents types de sources parmi les choix suivants : chalutage ; autres campagnes ; collection de muséum ; localité-type ; marquage/recapture ; littérature ; reprise ; pêcherie ; pêche sportive ; autres sources. Un champ à choix multiple identifie la campagne de la récolte (voir aussi ‹ La table EXPEDITIONS › , ce volume).

Le champ Validity indique la fiabilité du signalement parmi les choix suivants : nécessite une comparaison avec l'aire de répartition connue ; compatible avec l'aire de répartition connue ; douteux, en dehors de l'aire de répartition connue ; introduit ; spécimen(s) d'aquaculture ou d'aquarium.

Il est prévu d'ajouter à la table OCCURRENCES des champs pour les coordonnées des muséums et des aquariums publics qui conservent des spécimens ex-situ, et de les lier avec WinMap (voir ‹ Le logiciel WinMap ›, ce volume).

Quand un enregistrement fait référence à un poisson qui a été marqué et relâché, puis repris, il peut être entré dans la table OCCURRENCES comme un signalement de ‹ marquage/recapture ›. Dans ce cas, les champs ci-dessus indiquent des informations sur le marquage (localité, date) et sur le poisson relaché (auquel cas le champ pour le numéro de Catalog est utilisé pour le numéro de marquage).

Les informations sur le poisson recapturé (localité, date, longueur) sont entrées dans les champs appropriés, et dans le champ Recovery, la distance (en km) en ligne droite entre le lieu de marquage et le lieu de recapture si elle est précisée (une procédure de géométrie sphérique peut calculer cette distance quand ces deux localités sont entrées). La vitesse de nage minimum (en km/jour) est calculée en rapportant cette distance en ligne droite au nombre de jours entre le marquage et la recapture.

Peu de données de marquage/recapture sont entrées actuellement (voir par exemple Scomber australasicus), et principalement pour tester la structure. Ici encore, nous invitons des collègues intéressés à partager les données concernées, et à travailler avec nous pour tirer un maximum d'enseignements de ces données.

Comment y arriver

Cliquer sur le bouton Range dans la vue SPECIES puis sur le bouton Occurrences dans la vue STOCKS. Ou bien, cliquer sur le bouton Country puis sur le bouton CountryInfo et sur le bouton Occurrence dans la vue COUNTRY INFORMATION. Pour afficher la vue FishWatcher, cliquer sur le bouton National Databases dans la fenêtre MAIN MENU puis sur le bouton FishWatcher dans la fenêtre NATIONAL DATABASES.

Références

di Castri, F. et T. Younès. 1994. DIVERSITAS : Yesterday, today and a path towards the future. Biol. Int. 29 : 3-23.

Froese, R. et D. Pauly. 1994. A strategy and a structure for a database on aquatic biodiversity, p. 209-220. In J.-L. Wu, Y. Hu, et E.F. Westrum, Jr. (éds). Data sources in Asian-Oceanic Countries. DSAO, Taipei, 1994. CODATA, Paris.

Froese, R. et M.L.D. Palomares. 1995. FishBase as part of an Oceania biodiversity information system, p. 341-348. In J.E. Maragos, M.N.A. Peterson, L.G. Eldredge, J.E. Bardach et H.F. Takeuchi (éds). Marine and coastal biodiversity in the tropical island Pacific region. Vol. 1. East-West Center, Honolulu, Hawaii.

Künzel, T., A. Darar et J.M. Vakily. 1996. Composition, biomasses, et possibilités d'exploitation des ressources halieutiques djiboutiennes. Rapport du projet DEP/GTZ. Direction de l'Elevage et des Pêches, Ministère de l'Agriculture et du Développement Rural, Djibouti, et Deutsche Gesellschaft für Technische Zusammenarbeit (GTZ) GmbH, Eschborn, Germany. Tome 1 : Analyse 63 p.; Tome 2 : Données 296 p.

Pauly, D. et P. Martosubroto, Éditeurs. 1996. Baseline studies of biodiversity : the fish resources of western Indonesia. ICLARM Stud. Rev. 23, 321 p.

Vakily, J.M. 1994. Sierra Leone Fishery Surveys Database System (FiDAS). IMBO, Freetown/ICLARM, Manila. Tome 1. User Manual ; Tome 2 Technical Reference Handbook.

Rainer Froese, Rodolfo B. Reyes, Jr. et Emily Capuli

La table EXPEDITIONS

Pendant le siècle qui a suivi la publication de la 10ème édition du Systema Naturae de Linnaeus (1758), les expéditions scientifiques maritimes ont constitué pour les Européens la principale source de connaissances et de spécimens plantes et animaux non-européens.

En effet, l'importance passée des expéditions scientifiques maritimes ne peut pas être décrite aujourd'hui sans faire référence aux voyages spatiaux, leurs analogues contemporains quant à la technologie utilisée et au prestige des scientifiques impliqués.

Ainsi, du milieu du 18ème à la fin du 19ème siècle, les marines des principaux pays européens avaient toujours au moins un bateau, voire plusieurs, consacré à explorer l'Océanie, les côtes des Amériques, de l'Afrique et de l'Asie, et à rapporter aux muséums européens des spécimens convenablement conservés des organismes étranges qu'ils avaient rencontrés.

La tâche était généralement partagée entre les capitaines des bateaux, formés à la navigation et à l'exploration, et des naturalistes compétents qui cumulaient souvent les compétences de chirurgien du bord, tous efficacement secondés par les autres officiers et membres de l'équipage.

La plus célèbre de ces expéditions est le voyage du H.M.S. Beagle (1831-1836), dirigé par l'irascible capitaine Fitzroy, avec à son bord Charles Darwin comme naturaliste de facto (Jenyns, 1842 ; voir aussi l'Encadré 10). D'autres expéditions commentées par Lesson (1830-31 ; France), Kner (1865-67 ; Austriche), Peters (1877 ; Allemagne), ou Vinciguerra (1898 ; Italie), représentent des exemples de l'effort fourni par quelques puissances européennes autres que la Grande-Bretagne.

 

Encadré 10. Darwin dans FishBase.

Une base de données biologiques sérieuse sur les poissons, ou sur tout autre groupe d'organismes, ne peut pas contourner Charles Darwin qui a fourni le fondement intellectuel pour beaucoup de ce que nous faisons comme biologistes.

Darwin a travaillé sur de nombreux groupes, les coraux, les bernacles, les orchidées, les vers de terre, mais il n'a consacré aucun de ses livres ou articles exclusivement aux poissons. Par contre, il a supervisé la publication de l'ouvrage sur les poissons qu'il a récoltés pendant le voyage du H.M.S. Beagle (Jenyns 1842), et il a utilisé des poissons pour illustrer nombre de ses nouveaux concepts, entre autres celui de la sélection sexuelle, illustré dans Darwin (1877) par plusieurs cas de poissons présentant un dimorphisme sexuel.

En attendant un traitement exhaustif de ces riches enseignements (Pauly, en prép.) et l'incorporation du voyage de H.M.S. Beagle dans la table EXPEDITIONS de FishBase, les utilisateurs de FishBase 99 peuvent visualiser quelques-uns des poissons décrits par Darwin en cliquant sur le bouton Pictures de la fenêtre MAIN MENU, et en cherchant par Photographer / Artist Hawkins B. Waterhouse, 45 des espèces qu'il a dessinées (64 dessins présents actuellement dans FishBase).

Références

Darwin, C. 1877. The descent of man : selection in relation to sex. (2ème Édition). John Murray, London.

Jenyns, L. 1842. Fish, In C. Darwin (éd.) The zoology of the voyage of H.M.S. Beagle, under the command of Captain Fitzroy, R.N., during the years 1832-1836. Edited and superintendented by Charles Darwin. Smith, Elder & Co., London.

Pauly, D. Darwin's fishes : A dictionary of ichthyology, ecology and evolution. (En prép.).

Daniel Pauly

 

Au fil du temps, ces expéditions se sont sophistiquées, et celle du Challenger (1872-1876) a exploré tant de domaines dans les sciences marines qu'elle est souvent considérée comme le début de l'océanographie en tant que science moderne (Bayer 1969).

Les expéditions scientifiques maritimes ont continué au 20ème siècle, surtout aux États-Unis (voir par exemple, Thompson 1916). Mais avec l'établissement d'instituts de recherche modernes dans les ex-colonies européennes, les expéditions distantes conduites par un seul bateau ont été graduellement remplacées par des entreprises plus locales ou, à l'extrême opposé, par des campagnes complexes impliquant l'activité coordonnée de douzaines de bateaux de pays différents, comme par exemple, l'Expédition Internationale de l'Océan Indien (1959 - 1965 ; Zeitschel 1973) ou bien celles beaucoup plus importantes organisées par le programme BIOMASS (1977-1991) avec 18 navires appartenant à 12 pays différents (El-Sayed 1994). Finalement, les campagnes de chalutages systématiques sont devenues dans les années 1960 les sources majeures des connaissances nouvelles sur la biodiversité des poissons, et le restent depuis (Pauly 1996).

Les premières expéditions, auxquelles par la suite ont pu s'adjoindre des explorations terrestres, par exemple l'expédition de Lewis et Clark en ‹ Louisiane › ( Mooring 1996 ), étaient cruciales pour le développement de l'ichtyologie et l'augmentation des collections ichtyologiques. En effet, il est estimé que la majorité des quelque dix millions d'échantillons de poissons conservés dans les muséums autour du monde proviennent d'expéditions d'une sorte ou de l'autre.

Comme ces spécimens de poissons composent l'éssentiel des signalements dans FishBase, nous pensons qu'il sera utile de relier ces signalements aux expéditions au cours desquelles ils ont été capturés : cette information n'autorise pas seulement la reconstitution partielle de ces expéditions, mais il permet aussi d'agencer ces milliers de signalements d'une façon ordonnée en les corrigeant et en les complétant grâce aux indications tirées de cette vue d'ensemble.

La table EXPEDITIONS, introduite pour la première fois dans FishBase 98, rend ces idées effectives, et une procédure Winmap affiche les stations échantillonnées pendant une expédition donnée et documentées dans FishBase. De plus, une procédure résume et présente les informations-clés collectées pendant une expédition ou une étude.

La table principale EXPEDITIONS contient les champs suivants :

À partir des tables EXPEDITIONS et OCCURRENCES, FishBase reconstitue partiellement le trajet de l'expédition et situe les stations d'échantillonnage sur une carte (cliquer sur le bouton Map), et crée un rapport d'expédition qui comprend :

Pour afficher les informations concernant l'expédition (Infos-Clés - Key Info), les pays traversés (Pays - Countries), les listes des espèces (Espèces - Species) et des stations (Stations), cliquer sur leurs boutons respectifs.

Comment y arriver

Cliquer sur le bouton Reports dans la fenêtre MAIN MENU puis sur le bouton Miscellaneous dans la vue PREDEFINED REPORTS, et sur le bouton Expeditions dans la fenêtre MISCELLANEOUS MENU.

Peu d'expéditions (ou campagnes) sont répertoriées pour l'instant dans FishBase 99, bien que les signalements dans la table OCCURRENCES proviennent d'un grand nombre d'expéditions.

Nous prévoyons que l'attribution d'une fraction croissante des signalements aux expéditions qui les ont produits contribuera non seulement à une augmentation de leur précision, mais aussi à nous aider à documenter un plus grand nombre de ces expéditions. C'est une façon de rendre hommage aux travaux impressionnants et souvent héroïques réalisés par ces scientifiques, ces officiers et ces équipages.

Nous sommes désireux de collaborer sur ce sujet avec autant de collègues que possible ayant un intérêt dans l'histoire de l'ichtyologie, en particulier dans la reconstitution des principales expéditions telles que celle du Challenger. Veuillez nous contactez si vous êtes intéressés.

Références

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Daniel Pauly, Rodolfo B. Reyes, Jr. et Rainer Froese